In Honduras vond op 28 juni 2009 een staatsgreep plaats. Daarbij werd de op 28 november 2005 gekozen president Manuel Zelaya afgezet en het land uit ontvoerd door militaire troepen. Deze staatsgreep zou het gevolg zijn geweest van een voornemen van Zelaya om tegelijk met de verkiezingen in november 2009 een referendum te houden over een wetswijziging die het mogelijk zou maken dat Zelaya voor nog een termijn herkozen kon worden. De Hoge Raad sprak zich hier tegen uit. Na de staatsgreep werd Roberto Micheletti interim leider. De nieuwe regering kondigde de noodtoestand af.

De staatsgreep is internationaal veroordeeld en heeft consequenties gehad, zoals het stopzetten van hulpprogramma’s en het opschorten van de handel. Er werden onderhandelingen opgestart ten einde de situatie te normaliseren. Daarbij werd de president van Costa Rica aangewezen als bemiddelaar. Zij konden uiteindelijk niet tot een blijvend akkoord komen. In november vonden de verkiezingen plaats zonder waarnemers van de VN, die werden gewonnen door Porfirio Lobo Sosa van de National Party. Op 2 december 2009 besliste het congres tegen eerherstel van president Zolaya. Lobo Sosa nam daarop in januari 2010 zijn plaats als president in. De internationale gemeenschap is verdeeld over het al dan niet erkennen van de uitkomst van de verkiezingen.

Tijdens en na de staatsgreep hebben vele mensenrechtenschendingen plaats gevonden, onder meer mogelijk door de permanente noodtoestand die het leger en de politie veel macht gaf. Demonstraties zijn gewelddadig beëindigd, er was sprake van massa-arrestaties zonder registratie van de arrestanten en van (seksueel) geweld tegen gedetineerden. Een groot probleem daarbij is het gebrek aan onafhankelijkheid van de rechterlijke macht en de oneerlijke en discriminerende toepassing en interpretatie van het recht. Vele rechters hebben ook de de facto-regering van Micheletti gesteund, waardoor de fundamentele rechten binnen het recht niet gewaarborgd konden worden. Er zijn wel rechters geweest die zich hiertegen hebben verzet, maar hun aantal was te klein om een verschil te maken. Bovendien hebben zij het vaak moeten ontgelden, zoals Tirza del Carmen Flores Lanza en Adan Guillermo Lopez Lone. Dit echtpaar was beiden werkzaam als rechter: Tirza Flores Lanza als strafrechter bij het hof van appel in San Pedro Sula en Adan Guillermo Lopez Lone als strafrechter bij de rechtbank van San Pedro Sula. Tirza Flores Lanza en Adan Guillermo Lopez Lone hebben zich tegen de staatsgreep uitgesproken, Adan Guillermo Lopez Lone heeft deelgenomen aan een demonstratie tegen de staatsgreep en Tirza Flores Lanza diende een aanklacht in tegen de verantwoordelijken voor de ontvoering van Zelaya en sprak zich in het openbaar uit tegen de rol van de Hoge Raad. Zij werden uiteindelijk allebei ontslagen. Zij hebben hun zaak voorgelegd aan het Interamerican Commission of Human Rights of the Organization of American States.